Les endophytes¹ (du grec endo « dans », φυτόν « végétal » ; littéralement « à l’intérieur d’un végétal », terme défini et employé pour la première fois en 1866 par Anton de Bary², mais Link est le premier à décrire en 1809 ces organismes sous le terme d’« Entophytae » considérés alors comme un groupe distinct de parasites fongiques³) sont tous les micro-organismes (bactéries ou champignons en général) qui accomplissent tout ou partie de leur cycle de vie à l’intérieur d’une plante, de manière symbiotique (endosymbiote), c’est-à-dire avec un bénéfice mutuel pour les deux organismes ou sans conséquences négatives pour la plante-hôte⁴. L’endophyte peut vivre et se reproduire dans l’espace intercellulaire et/ou dans certaines cellules de la plante. L’endophyte et son hôte entretiennent une interaction appelée endophytisme. Les endophytes jouent chez les plantes un rôle assez comparable à celui du microbiote intestinal chez l’animal, rôle qui selon les études les plus récentes, a été très longtemps inconnu puis sous-estimé.
De nombreux endophytes ont une activité ou des propriétés favorisant potentiellement la croissance de la plante, ou sa résilience face à certain stress (chaleur, manque d’eau, sel, attaques parasitaires via l’effet bioinsecticide, etc.) ^5,6. Une partie du génome d’endophyte est parfois retrouvée, intégrée, dans l’ADN de la plante-hôte⁷.(…)